土壤微生物檢測（cè）對土壤微生物進行研究的方法（fǎ）

在陸地（dì）生（shēng）態係統中，在土壤微生物檢測土（tǔ）壤（rǎng）中生（shēng）活有數量龐大的（de）微生物種（zhǒng）群，包括（kuò）原核微生（shēng）物如細菌、藍細菌、放線菌及超顯微結構微生物, 以及真核（hé）生物如真菌、藻類( 藍藻除外（wài）) 、地衣等。它們（men）與植物（wù）和動物有著明（míng）確的分工，主要（yào）扮演“分解（jiě）者”的角色，幾乎參與土壤中一切生物和生物化學反應。由於土壤微生物的複雜性、土壤（rǎng）本（běn）身的多變性和研究方法不完善等原因的（de）限（xiàn）製, 以往人們對土壤微生物多樣性的研究（jiū）與動、植（zhí）物相比遠遠落後。隨（suí）著多聚酶鏈反應(PCR)、核酸測序等現代生物學分子生（shēng）物學技術的迅速發展,人們對土壤微生物多樣性有了更多的了解；高通量測序技術的發展則為研究土壤宏基因組（zǔ）提供了大量（liàng）數據，為直接探究土壤中的微生物群落結構提供（gòng）了客觀而全麵的（de）信息。
1、土壤微生物檢測微生物平板培養法
傳（chuán）統的（de）土壤（rǎng）生態係統中微（wēi）生物群落多樣性及結構分析大多是將微生物進行分離培養，然後通過一般的生物（wù）化學性狀，或者特定的表現型來（lái）分析，局限於從固體培養基上分離微生物。這種方法（fǎ）隻限於極少量（0.1%-1%）可以培養的微生物類群，無法對絕（jué）大多數微生物（wù）的分類地位和係統發育關係（xì）的深入研究。
2、分子生物學技術結合（hé）測（cè）序的方法（fǎ）
在過去的20多年（nián）裏，分子生物學（xué）技術，尤其16SrDNA技術已經廣泛應用於鑒定未知菌的研究中。20世紀（jì）80年代以來, 逐步建立起了以（yǐ）分子係統發育分析為基礎的現代微生物分子生態（tài）學的研究方法,使得（dé）研究者能夠在分子水平上對土壤（rǎng）微生物多樣性進行研究。其中運用比（bǐ）較（jiào）廣泛並被普遍認可的是（shì）PCR-DGGE/TGGE法。DGGE/TGGE 的局限性在於，檢測的DNA片段長度範圍以200bp ～900bp為佳，超（chāo）出此範圍的片段難以（yǐ）檢（jiǎn）測[4]，PCR 擴增所需G/C 堿基對（duì）含量至（zhì）少達40 % ，通常隻能檢測到（dào）環（huán）境中優勢菌（jun1）群（qún）的存在，隻有占整個群落細菌數量約1％或以上的類（lèi）群能夠通過DGGE檢測到[5]。TGGE 儀器所允（yǔn）許的溫度範圍為（wéi）15 ℃～80 ℃，較大片（piàn）段DNA 的Tm 值因為接近80 ℃而使檢測難度提高；若電泳條件不適宜，不能*保證將有序列差異的DNA片段分開，從（cóng）而出現序列不同的DNA 遷移在同一位置的現象。
3、高通量測序方法（fǎ）
研究表（biǎo）明，400～600堿基的序列，足以對（duì）環（huán）境中微（wēi）生物的多樣性（xìng）和種群分類進行初步的估計[8]，因此454高通量測序的方法（fǎ）因其（qí）讀長（400~500bp）長和準確性高的（de）特點大量（liàng）用於微生物多樣性的研究。有了微生物16S rDNA序（xù）列，不論是全長還是部分，都可以提交（jiāo）到GenBank采用BLAST程序與已知序列進行相似性分析（xī）。Gen Bank將按照與測得序列的相似性高低列出已知序列（liè）名單、相似性程度以及這（zhè）些序列相（xiàng）對應的微生物種類，但更為的微生物（wù）分類還取決於係統發育分（fèn）析（xī）高通量測序（xù）的（de）*性體現在：測序序列長，可以覆蓋16S /18S rDNA、ITS等高變區域； 測序通量高，可以檢測（cè）到環境樣品中（zhōng）的痕量微生（shēng）物；實驗操作簡單（dān）、結果穩定，可重複性強；無需進行（háng）複雜（zá）的文庫構建，微生物DNA擴增產物可以直接進行測序，實驗周期短；測序數據便於（yú）進行（háng）生物信息分析。該方（fāng）法得到*期刊的認可（Nature等），已成為土壤微生物多樣性檢測的重要（yào）手段。上海美吉（jí）生物公司已有若（ruò）幹成（chéng）功案例，為客戶提供的土壤樣本進行高通量（liàng）測序（xù）並進行生物信息學分析。高通量測序因其數據量大（dà），操作（zuò）過程簡單，盡可能避免了繁瑣的實驗操作過程所造（zào）成（chéng）的樣本損失，能夠相對客觀的反應出土壤樣本的（de）真實情況。